Als zentrale wissenschaftliche Einrichtung der Friedrich-Alexander-Universität unterliegt das FAU CDI einer Ordnung. Das FAU CDI ist in Service- und Application-Labs gegliedert. Erstere bestehen dauerhaft, haben eine feste Leitung und bilden feste Kooperationen innerhalb der FAU ab. Die Application-Labs dienen der Anbindung der Forschenden an die jeweiligen Dienste des FAU CDI.